• Derechos humanos
• Género.

La Dra. Zúñiga está adscrita a las siguientes líneas de investigación del Doctorado en Derecho, mención en Constitucionalismo y Derecho:

• Derechos Humanos y Grupos en Desventaja.

Actualmente es profesora tutora de la tesis doctoral de:

• Gabriel Miralles D.
• Andrea Salazar N.
• Liz Vallejos R.

• 2019-2021, FONDECYT REGULAR 1190434. ''El ejercicio de derechos fundamentales por las personas con discapacidad mental en Chile desde la perspectiva de derechos humanos''. Co-Investigador. 2 años.
• 2018-2021, FONDECYT REGULAR 1180676. ''Categorías teórico-dogmáticas para dotar de contenido al principio de igualdad en Chile (2000-2017)''. Co-Investigador. 3 años.
• 2016-2018, ''Políticas de Regulación de las Empresas Transnacionales por Violaciones a los Derechos Humanos en América Latina. Consorcio Latinoamericano de Posgrado en Derechos Humanos y financiado por Fundación Ford (Brasil)''. Co-Investigador. 2 años.
• 2015-2018, FONDECYT REGULAR 1150796. ''Los derechos sexuales y reproductivos. Entre el control y la autonomía''. Investigador Principal. 3 años.
• 2012-2014, ALFA III. ''3ª convocatoria, Comisión EuropeaDHES- Red Derechos Humanos y Educación Superior. https://www.upf.edu/dhes-alfa/es/quees_dhes.html. Co-Investigador. 2 años.
• 2011-2012, FONDECYT REGULAR 1110574. ''La constitucionalización de la familia. Tendencias del derecho comparado y desafíos normativos para el derecho chileno''. Investigador Principal. 2 años.
• 2009-2012, INSTITUTO DE LA MUJER-ESPAÑA. ''Democracia y participación política de las mujeres. Estudio crítico comparado de nuevos análisis y estrategias''. Co-Investigador. 4 años.
• 2008-2010, FONDECYT INICIACIÓN 11080280. ''Género, cuotas y paridad. Análisis de sus interrelaciones, similitudes y diferencias''. Investigador Responsable. 2 años.
• 2008-2008, SERNAM. ''Reforma Constitucional sobre la Familia''. Co-Investigador. 1 año.
• 2008-2010, FONDECYT REGULAR 1085076. ''Racionalidad de las leyes penales y estado constitucional''. Co-Investigador. 2 años.
• 2005-2007, DID S-2005-69. ''La construcción modera de los derechos fundamentales y la situación jurídica de la mujer: ¿Emancipación u Opresión? una revisión desde la perspectiva de género''. Investigador Principal. 2 años.
• 2005-2007, FONDECYT REGULAR 1050378. ''El desarrollo democrático de la sociedad chilena a la luz de la articulación entre democracia política y democracia constitucional''. Co-Investigador. 2 años.
• 2004-2006, DID S-2004-22. ''Descubriendo el género en el discurso pedagógico (currículo formal) y prácticas docentes (currículo en acción y currículo oculto)''. Co-Investigador. 2 años.

• 2019. Zúñiga, Y., Guerra, Debbie, Rebolledo, S. Derechos reproductivos: autonomía y objeción de conciencia en el sur de Chile. Revista Austral de Ciencias Sociales (Scopus). Autor.
• 2019. Zúñiga, Y. Ciudadanía biológica y autonomía, En Artaza, O (Coord.) Sistemas y servicios de salud centrados en las personas y sus comunidades, Ediciones Universidad austral de Chile Autor. (aceptado)
• 2019. Zúñiga, Y. (Aceptado) Constitución, género e igualdad. Sobre la necesidad de redefinir lo público y lo privado en la nueva Constitución. En: Bassa, J; Ferrada, JC; Viera, C. (Eds.). La Constitución que queremos. (Aceptado). LOM. Santiago. Chile. Autor.
• 2018. Zúñiga, Y. Potencialidades, límites y desafíos de la participación política de las mujeres. En:Cuotas de género y democracia paritaria. avances en los derechos políticos de las mujeres. Fernández, D. y González, M. (Comps.). Universidad Simón Bolívar- Red-Hila. Cúncuta. Colombia. ISBN: 978-958-5533-10-3. 50-103. Autor.
• 2018. Zúñiga, Y. Political participation of Women: Potentialities, Limits and Challenges. En: Political participation of Women: Potentialities, Limits and Challenges. Marshall, P (Ed.). Lexington Books. Estados Unidos. ISBN: 9781498563147. 29-48. Autor.
• 2018. Zúñiga, Y. Los debates sobre el aborto. Paradojas, narrativas y dispositivos de poder-saber. Anales de la Cátedra Francisco Suarez, Revista de Filosofía Jurídica y Política. 52: 91-111. Autor.
• 2018. Zúñiga, Y. Cuerpo, género y derecho. Ius et Praxis. (Scopus). 24: 209-254. DOI: 10.4067/S0718-00122018000300209. Autor.
• 2018. Zúñiga, Y. Comentario relativo a la sentencia del TC sobre la ley que despenaliza la interrupción voluntaria del embarazo (IVE) en tres causales. Anuario de Derecho Público Universidad Diego Portales. Ediciones Diego Portales. Santiago. Chile. ISBN: 978-956-314-431-4. 125-141. Autor.
• 2018. Yañez, R., Zúñiga, Y. Derecho y justicia ocupacional: Aportes a la comprensión de la discapacidad en Chile. Journal of Occupational Science (Scopus). 25: LXXIV-LXXXIV. DOI: 10.1080/14427591.2018.1522946. Autor.
• 2016. Zúñiga, Y. La regulación del aborto: entre el control y la autonomía. En Debate y reflexiones en torno a la despenalización del aborto en Chile. UDP, Facultad de Derecho. Santiago. Chile. ISBN: 9789563143508. 109-146. Autor.
• 2016. Zúñiga, Y. Confidencialidad y autonomía de las menores de edad al requerir interrupción de embarazo. Perspectiva jurídica. En Aborto y derechos reproductivo. Implicancias desde la Ética, el Derecho y la Medicina. Ediciones Universidad Diego Portales. Santiago. Chile. ISBN: 9789563143683. 255-276. Autor.
• 2015. Zúñiga, Y. Derechos sexuales y reproductivos en América Latina. En Almaada, M. Y Maués A. (coords.), A Verdade, Justiça e Reparacça na América Latina. Editora Lumens Juris. Río de Janeiro. Brasil. ISBN: 978-85-8440-159-8. 181-206. Autor.
• 2014. Zúñiga, Y. La construcción de la igualdad de género en el ámbito regional americano. En Derechos Humanos de los Grupos Vulnerables. Manual, 2014. Red de Derechos Humanos y Educación Superior. Barcelona. España. ISBN: 97884 6970066. 179-210. Autor.
• 2013. Zúñiga, Y., Turner, S. Sistematización comparativa de la regulación de la familia en las constituciones latinoamericanas. Revista de Derecho. Universidad Católica del Norte. 20: 269-301. dx.doi.org/10.4067/S0718-97532013000200010. Co-Autor.
• 2013. Zúñiga, Y. Una propuesta de análisis y regulación del aborto en Chile desde el pensamiento feminista. Revista Ius et Praxis (Scopus). 19: 255-300. Autor.
• 2013. Zúñiga, Y. Mujeres, ciudadanía y participación política. En Derechos Humanos y Mujeres: Teoría y práctica. Andros Ediciones. Santiago. Chile. ISBN: 978-956-19-0833-8. 181-210. Autor.
• 2013. Zúñiga, Y. Igualdad y diferencia en la teoría feminista. El debate conceptual sobre la justicia, la familia y la diversidad. En Inclusión, Igualdad y Derecho: Lo político, lo social y lo jurídico en clave igualitaria. LOM. Santiago. Chile. ISBN: 978-956-00-0456-7. Autor.
• 2013. Zúñiga, Y. Cuarto Panel Acceso a la Justicia. Un análisis sobre la influencia de los estereotipos en la regulación de los fenómenos asociados a la prostitución. En Seminario Internacional sobre trata de personas y tráfico de migrantes. nstituto Nacional de Derechos Humanos. Santiago. Chile. ISBN: 978-956-9025-45-7. 111- 116. Autor.
• 2012. Zúñiga, Y. Los derechos sexuales y reproductivos. Reflexiones sobre su contenido y garantía en el derecho comparado. En Actas del Congreso Internacional de Derecho. En Homenaje al Centenario de la Escuela de Derecho de Valparaíso. Tomo II. Edeval. Valparaíso. Chile. ISBN: 9789562001076. 429-442. Autor.
• 2012. Zúñiga, Y. La participación política de las mujeres. Un Análisis de sus estrategias teórico-normativas y de su efectividad práctica. En Derechos fundamentales y justicia constitucional ¿consolidación o reforma? Abeledo Perrot y Thomson Reuters. Santiago. Chile. ISBN: 978-956-346-237-1. 111-130. Autor.
• 2012. Mestre Ruth, Zúñiga, Yanira. Democracia y participación política de las mujeres. Visiones desde Europa y América Latina. Tirant lo Blanch. Primera Edición. Madrid. España. ISBN: 13:9788490333969. 349p. Autor.
• 2011. Zúñiga, Y. La sentencia rol 1340 y la sentencia rol 1288. Una reflexión sobre el (oscuro) rol de los tratados internacionales en el marco del control de constitu. En La sentencia rol 1340 y la sentencia rol 1288. Una reflexión sobre el (oscuro) rol de los tratados internacionales en el marco del control de constitucionalidad. Editorial Libromar. Santiago. Chile. 3-11. Autor.
• 2010. Zúñiga, Y. Restricciones a porte de velo islámico. Reflexiones sobre la discusión comparada y la incipiente jurisprudencia chilena (Corte de Apelaciones de Santiago). Revista de Derecho (Valdivia) (Scopus). 24:245-251. Autor.
• 2010. Zúñiga, Y. Género y Democracia, Un análisis de las propuestas de igualdad y de representación contenidas en las cuotas y en la paridad. En Estudios Constitucionales. Editorial Librotecnia. Santiago. Chile. 45-80. Autor.
• 2010. Zúñiga, Y. El principio de proporcionalidad como herramienta de racionalidad. Un análisis crítico de su aplicación en la jurisprudencia del Tribunal Constitucional chileno. Revista Ius et Praxis (Scopus). 16: 249-272. Autor.
• 2010. Zuñiga, Y. Ciudadanía y género: Representaciones y conceptualizaciones en el pensamiento moderno y contemporáneo. Revista de Derecho de la Universidad Católica del Norte. 17: 133-163. Autor.
• 2009. Zúñiga, Y., Bordali, A. Análisis del fallo del Tribunal Constitucional sobre la píldora del día después. Anuario de Derechos Humanos: 166-173. Autor.
• 2009. Zúñiga, Y. Medida de protección terapéutica a favor de un menor (sentencias del tribunal de familia y de la corte de apelaciones de valdivia). Revista de Derecho (Valdivia) (Scopus). XXII: 279-290. Autor.
• 2009. Zúñiga, Y. La "generización" de la ciudadanía. Apuntes sobre el rol de la diferencia sexual en el pensamiento feminista. Revista de Derecho (Valdivia) (Scopus). 22: 39-64. Autor.
• 2009. Zúñiga, Y. El derecho al desarrollo. Un análisis de la teoría de las capacidades desde la teoría de género. Revista Española de Desarrollo. Enero 200: 99-111. Autor.
• 2007. Zúñiga, Y. La democracia en el sistema internacional. Concepto, naturaleza y mecanismos de protección. Revista de Derecho de la Universidad Católica del Norte. 14: 59-86. Autor.
• 2007. Arcos, M. , Poblete, J. , Molina, I. , Miranda, C. , Zúñiga, Y. , Fecci, E. , Rodriguez, L. , Marquez, M. , Ramirez, M. Perspectiva de género en la formación de profesionales de la salud: Una tarea pendiente. Revista Médica de Chile. 135: 708-717. Co-Autor.
• 2006. Zúñiga, Y., Arcos, M., Fecci, E., Marquez, M., Molina, I., Ramirez, M., Poblete, J., Miranda, C. Descubriendo el género en el currículo explícito (currículo formal) de la educación de tercer ciclo, Universidad Austral de Chile 2003-2004. En Investigando y Educando: Estudios para el Análisis y la Aplicación. Actas de las 6tas jornadas Interuniversitarias de Investigación. Editorial LOM. Santiago. Chile. ISBN: 956-7062-19-6. 351-392. Co-autor.
• 2006. Zúñiga, Y. El derecho como representación-deformación. Un análisis de su construcción adversarial en clave de género y derechos fundamentales. Revista de Derecho (Valdivia) (Scopus). 19: 33-59. Autor.
• 2006. Arcos, M., Molina, I., Fecci, E., Zúñiga, Y., Marquez, M., Ramirez, M., Miranda, C., Rodriguez, L., Poblete, J. Descubriendo el género en el currículo explícito (currículo formal) de la educación de tercer ciclo, Universidad Austral de Chile 2003-2004. Revista de Estudios Pedagógicos (Scopus). 32: 33-47. Co-Autor.
• 2005. Zúñiga, Y. Sentencia sobre el derecho a la libertad religiosa (Corte Europea de Derechos Humanos. Comité de Derechos Humanos del protocolo facultativo del Pacto Internacional de Derechos civiles y Políticos). Revista de Derecho. Universidad Austral de Chile. XVIII: 269-287. Autor.
• 2005. Zúñiga, Y. El derecho al desarrollo desde la perspectiva de género. Ética y Derechos Humanos. Universidad Autónoma del Estado de México - Editores Torres y Asociados. Ciudad de México. México. 141-170. Autor.
• 2005. Zúñiga, Y. Democracia Paritaria: de la Teoría a la Práctica. Revista de Derecho. Universidad Austral de Chile. 18: 131-154. Autor.
• 2005. Cazor, K., Zúñiga, Y., Bustos, I. Propuesta investigativa en torno al desarrollo democrático de la sociedad chilena. Revista de Derecho de la Universidad Católica del Norte. 12: 59-86. Co-Autor.
• 2004. Zúñiga, Y. Informe en caso sobre violencia de género (Comisión Interamericana de Derechos Humanos). Revista de Derecho. Universidad Austral de Chile. 16: 249-279. Autor. 
• 2004. Zúñiga, Y. El género como nueva categoría del Derecho Internacional de los Derechos Humanos. Actas XXXIV Jornadas de Derecho Público. Lexis Nexis. Santiago. Chile. 687-702. Autor.
• 2003. Arcos, M., Zúñiga, Y., Ramirez, J., Uarac, M., Molina, I., Larrañaga, L., Santana, C. Derechos sexuales y reproductivos: Intenciones frente a realidades. Cuadernos Mujer y Salud: 118-128. Co-Autor.
• 2001. Zúñiga, Y. Análisis dogmático de los crímenes de Derecho Internacional. Revista de Derecho. Universidad Austral de Chile. XII: 118-128. Autor.
• 2000. Zúñiga, Y. Las paradojas de la universalidad. Revista de Derecho. Universidad Austral de Chile. XI: 71-82. Autor.