• Derecho penal y discurso
• Dogmática de principios y límites penales
• Lavado de capitales y fraude fiscal

El Dr. Fernandez está adscrito a las siguientes líneas de investigación del Doctorado en Derecho, mención en Constitucionalismo y Derecho:

• Constitucionalización del Derecho Público
• Derechos Humanos y Grupos en Desventaja

• 2019. Fernández, J. Bases para una reconstrucción estructural de los principios penales en el ámbito del control de constitucionalidad. Problema. Anuario de Filosofía y Teoría del Derecho (SCOPUS). 13: 161-191. DOI: 10.22201/iij.24487937e.2019.13.13719. Autor de Correspondencia.
• 2018. Review. Fernández, J., Boutaud, JE. Los apremios personales en la jurisprudencia del Tribunal Constitucional: Un análisis crítico desde la dogmática de los principios y límites penales. Política Criminal (Scopus). 13: 350-386. DOI: 10.4067/S0718-33992018000100350. Autor de Correspondencia.
• 2017. Fernández, J. Interpretación conforme con la Constitución: una aproximación conceptual. Revista Ius et Praxis (Scopus). 22: 153-188. Autor.
• 2016. Fernández, J. La constitucionalidad del delito de sodomía chileno en el nuevo contexto de la ley antidiscriminación y el caso Atala. Anuario Iberoamericano de Justicia Constitucional (Scopus). 20: 85-116. Autor.
• 2016. Fernández, J. Juicio constitucional y democracia. Revista Defensa y Justicia de la Defensoría Pública del Ecuador. 20. Autor.
• 2015. P. Marshall, J.O. Cofre, J.A. Fernández , I. Hunter , F. Muñoz , D. Pardow , S. Rios. Comentario al Informe Engel. Revista de Derecho. Universidad Austral de Chile. 28: 267-298. Co-Autor.
• 2015. Fernández, J. El fenómeno del acoso sexual: unas notas para su criminalización. En Libro Homenaje al Profesor Hernán Hormázabal Malarée. Libromar. Santiago. Chile. ISBN: 978-956-327-131-7. Autor.
• 2014. Fernández, J. Principialismo, garantismo, reglas y derrotabilidad en el control de constitucionalidad de las leyes penales. Publicado también en Nuevo Foro Penal No. 85, julio-diciembre 2015, pp. 52-78. Revista de Ciencias Penales. XLV. Autor.
• 2014. Fernández, J. Derecho penal y Tribunal constitucional: un estudio crítico. Revista de Estudios Constitucionales: 187-238. Autor.
• 2013. Fernández, J. Igualdad y derecho penal. En Igualdad, inclusión y derecho. Lo político, lo social y lo jurídico en clave igualitaria. Lom. Santiago. Chile. ISBN: 978-956-00-0456-7. 214-260. Autor.
• 2013. Fernández, J. El incumplimiento de la mínima protección exigible al Tribunal Constitucional chileno en el control de las leyes penales. En Humanizar y renovar el derecho penal. Estudios en memoria del Profesor Cury. Legal Publishing. Santiago. Chile. ISBN: 978-956-346-345-3. 219-244. Autor.
• 2013. Fernández, J. El discurso de la criminalidad y del poder punitivo: representaciones sociales, previsibilidad y principio de economía cognitiva. Revista de Derecho. Universidad Católica del Norte. 20: 327-350. dx.doi.org/10.4067/S0718-97532013000200012. Autor.
• 2013. Fernández, J. Análisis crítico del discurso y criminología. Revista Política Criminal (Scopus). 8: 472- 499. dx.doi.org/10.4067/S0718-33992013000200004. Autor.
• 2012. Bustos, J., Hormazábal, H., Fernández, J. Lecciones de Derecho Penal chileno. Volumen I. Librotecnia. Primera, Marzo. Santiago. Chile. ISBN: 978-956-327-063-1. 274p. Colaborador.
• 2011. Fernández, J. La constitucionalidad del art. 450 inciso 1° CP. Un examen desde la perspectiva del juicio de proporcionalidad. Revista Austral de Ciencias Sociales (Scopus). 59: 61-94. Autor.
• 2011. Fernández, J. Control constitucional de las penas: desde el principio de humanidad de las penas hacia el principio de proporcionalidad. En Jurisprudencia Constitucional Destacada. Análisis Crítico. Legal Publishing. Santiago. Chile. ISBN: 978956238974-7. Autor.
• 2010. Muñoz, J., Fernández, J. Estudio dogmático penal de los artículos 291 del Código penal y 136 de la Ley General de Pesca y Acuicultura: A propósito del caso del Santuario de la Naturaleza Carlos Anwandter. Revista Política Criminal (Scopus). 5: 410-454. Co-Autor.
• 2010. Fernández, J. El juicio constitucional de proporcionalidad de las leyes penales: ¿la legitimación democrática como medio para mitigar su inherente irracionalidad? Revista de Derecho. Universidad Católica del Norte. 17: 51-99. Autor.
• 2009. Fernández, J. La legitimización de las leyes penales. Reflexiones desde la ética procedimental. Revista de Derecho. Universidad Austral de Chile. 22: 161-183. Autor.
• 2009. Fernández, J. La legitimación social de las leyes penales: límites y ámbito de su aplicación. Revista de Derecho (Coquimbo). 33: 231-259. Autor.
• 2009. Fernández, J. Fraude fiscal y lavado de capitales. Revista Política Criminal (Scopus): 1-19. Autor.
• 2009. Fernández, J. Conciencia jurídica del pueblo” y reserva de ley (Tribunal Constitucional). Revista de Derecho. Universidad Austral de Chile. 22: 261-263. dx.doi.org/10.4067/S0718-09502009000200013. Autor.
• 2009. "Conciencia jurídica del pueblo” y reserva de ley (Tribunal Constitucional)». Revista de Derecho de la Facultad de Ciencias Jurídicas de la Universidad Austral de Chile, (Vol. XXII) núm.2, pp.261-263.
• 2008. Fernández, J. Sentencia sobre tráfico de semillas de cannabis sativa: Una expresión del modelo político criminal de reducción de daños (Cuarto Tribunal Oral en lo Penal de Santiago). Revista de Derecho. Universidad Austral de Chile. 21: 171-185. dx.doi.org/10.4067/S0718-09502008000100008. Autor.
• 2008. Fernández, J. La teoría de la elección racional y la crítica a la expansión del derecho penal. En Intersecciones teóricas en criminología. Dykinson. Madrid. España. 149-172. Autor.
• 2008. «Sentencia sobre tráfico de semillas de cannabis sativa: Una expresión del modelo político criminal de reducción de daños (Cuarto Tribunal Oral en lo Penal de Santiago)», (en) Revista de la Facultad de Derecho de la Universidad Austral de Chile. Valdivia, (Vol. XXI).
• 2007. Fernández, J. Los delitos de violación y estupro del artículo 365 bis CP: Una racionalización desde el mandato de Ies stricta y el principio de lesividad. Especial referencia a la introducción de partes del cuerpo. Ius et Praxis. (Scopus). II. Autor.
• 2006. Fernández, J. Tráfico de drogas: ética, realidad social y discurso. En Homenaje al profesor Alfonso Serrano Gómez. Dykinson. Madrid. España. Autor.
• 2006. Fernández, J. Sentencia sobre el ámbito de aplicación y retroactividad más favorable al reo en el delito de microtráfico (Corte de Apelaciones de Valdivia). Revista de Derecho. Universidad Austral de Chile. 19:249-252. dx.doi.org/10.4067/S0718-09502006000100011. Autor.
• 2006. Fernández, J. El nuevo Código Penal: Una lucha por el discurso político criminal. Revista Electrónica de Políticas Públicas en Materias Penales. A5: 1-30. Autor.
• 2006. «Sentencia sobre el ámbito de aplicación y retroactividad más favorable al reo en el delito de microtráfico (Corte de Apelaciones de Valdivia)». Revista de la Facultad de Derecho de la Universidad Austral de Chile. Valdivia, (vol. XIX).
• 2005. Fernández, J. Sentencias sobre delito de homicidio (Juzgado de letras de Puerto Montt. Corte de apelaciones de Puerto Montt). Revista de Derecho. Universidad Austral de Chile. 18: 255-268. dx.doi.org/10.4067/S0718-09502005000100011. Autor.
• 2005. Fernández, J. El tipo imprudente de legalización de capitales: consideraciones político criminales. Revista de la Facultad de Derecho de la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso. XXVI: 155-179. Autor.
• 2005. «Falta de fundamentación jurídico penal de las sentencias: sentencias del Tercer Juzgado de Letras y Corte de Apelaciones de Puerto Montt». Revista de la Facultad de Derecho de la Universidad Austral de Chile. Valdivia, (vol. XVIII).
• 2004. Ferrada, J., Fernández, J. Sentencia Sobre la Inconstitucionalidad del Proyecto de Ley que Crea la Unidad de Análisis Financiero y Modifica el Código Penal en Materia de Lavado y Blanqueo de Activos (Tribunal Constitucional). Revista de Derecho (Valdivia) (Scopus). 17: 251-271. Autor.
• 2004. Ferrada Bórquez, Juan Carlos y Fernández Cruz, José Ángel, «Sentencia sobre la inconstitucionalidad del proyecto de ley que crea la Unidad de Análisis Financiero y modifica el Código penal en materia de lavado y blanqueo de activos». Revista de la Facultad de Derecho de la Universidad Austral de Chile. Valdivia, (vol. XVII).
• 2004. Fernández, J. Sentencias sobre determinación del iter criminis en la falta de hurto cometido en supermercados (Juzgado de Garantía de Valdivia - Corte de Apelaciones de Valdivia). Revista de Derecho (Valdivia) (Scopus). 16: 229-240. Autor.
• 2004. «Sentencias sobre determinación del iter criminis en la falta de hurto cometido en supermercados (Juzgado de Garantía de Valdivia - Corte de Apelaciones de Valdivia)». Revista de la Facultad de Derecho de la Universidad Austral de Chile. Valdivia (vol.XVI).
• 2003. Fernández, J. La normativa de prevención del lavado de dinero y su inclusión en el ordenamiento jurídico chileno. Actualidad Jurídica. Autor.
• 2002. Fernández, J. La empresa criminal: los delitos de comercio ilícito como factor en la aparición del fenómeno del blanqueo de capitales. Revista de Estudios Criminológicos y Penitenciarios. Autor.
• 2002. Fernández, J. El delito imprudente: La determinación de la diligencia debida en el seno de las organizaciones. Revista de Derecho. Universidad Austral de Chile. XII. Autor.
• 2001. Fernández, J. Estudio de la última doctrina del Tribunal Supremo relativa a la imprudencia punible en la construcción. El consultor Inmobiliario. Autor.
• 1999. Fernández, J. Naturaleza y contenido del mandato de lex certa en la Doctrina del Tribunal Constitucional. Revista de Derecho. Universidad Austral de Chile. 18: 141-151. Autor.

• Fernández, J.A. (2022-2024). FONDECYT REGULAR N° 1220592. "Una propuesta de regulación del Mercado de Cannabis en Chile. Especial referencia a las dimensiones administrativas, penales y tributarias". Investigador responsable. 2 años.
• Fernández, J. Á. (2016-2018). Dirección General de Investigación Científica, Ministerio de Fomento y Competitividad, España. ''La influencia de la jurisprudencia del Tribunal Europeo de Derechos Humanos en las decisiones del Tribunal Constitucional''. Investigador Asociado.
• Fernández, J. Á. (2013-2015). FONDECYT REGULAR 1130076. ''Límites al Ius Puniendi y derechos fundamentales: bases para una dogmática integrada en el control de constitucionalidad''. Investigador Responsable. 2 años.
• Fernández, J. Á. (2008-2010). FONDECYT REGULAR 1085076. ''Racionalidad de las leyes penales y estado constitucional''. Investigador Responsable. 2 años.
• Fernández, J. Á. (2005-2007). DID S-2005-59. ''El nuevo delito de lavado de capitales: una interpretación conforme a la realidad criminológica del crimen organizado y a los límites al Ius Puniendi''. Investigador Principal. 2 años.
• Fernández, J. Á. (2002-2003). Investigador Principal y Coordinador. "La economía sumergida y el blanqueo de capitales. Situación actual en España.